Проверка SeqAnalyzer
5.3.1.1 Принадлежность к виду V. cholerae
Ген: ompW (VCA0867) - не найден
Ген: Коллагеназа (VC1650) - совпадение с референс-последовательностью 97,2 %
Ген: VCA0164 - совпадение с референс-последовательностью 89,1 %
5.3.1.2 Серогруппа
Ген: О1 (ген wbe) - совпадение с референс-последовательностью 99,95 %
Ген: O139 (ген wbf) - не найден
5.3.1.3 Биовары
Ген: hlyA Eltor - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
Ген: hlyA classical - совпадение с референс-последовательностью 94,6 %
Ген: rtxC Eltor (VC1450) - совпадение с референс-последовательностью 99,13 %
Ген: cas3 V. cholerae cholerae - не найден
5.3.1.4 Профаг CTX
Ген: cep (VC1461) - не найден
Ген: orfU (VC1460) - не найден
Ген: ace (VC1459) - не найден
Ген: zot (VC1458) - не найден
Ген: ctxA (VC1457) - не найден
Ген: ctxB1 (Classical) - не найден
Ген: ctxB3 (El Tor) - не найден
Ген: ctxB7 ("Гаитянский тип") - не найден
5.3.1.5 Профаг RSI
Ген: RstR (VC1464) - не найден
Ген: RstA (VC1454) - не найден
Ген: rstB (VC1453) - не найден
Ген: rstС (VC1452) - не найден
Ген: rstR El Tor(VC1452) - не найден
Ген: rstR Classical - не найден
5.3.1.6 Токсин-связанный криптический элемент TLC
Ген: VC1471 - не найден
5.3.1.7 Остров патогенности VPI-I
Ген: aldA (VC0819) - не найден
Ген: mop (VC0823) - не найден
Ген: tcpA (VC0828) - не найден
Ген: toxT (VC0838) - не найден
Ген: acfB (VC0840) - не найден
5.3.1.8 Остров патогенности VPI-II
Ген: VC1757 - совпадение с референс-последовательностью 80,2 %
Ген: VC1810 - не найден
Ген: хеликаза (VC1760) - не найден
Ген: nanH (VC1784) - не найден
Ген: VC1803 - не найден
5.3.1.9 Остров пандемичности VSP-I
Ген: VC0175 - не найден
Ген: VC0178 - не найден
Ген: VC0180 - не найден
Ген: VC0183 - не найден
Ген: VC0185 - не найден
5.3.1.10 Остров пандемичности VSP-II
Ген: VC0490 - не найден
Ген: VC0496 - не найден
Ген: type IV pilin (VC0502) - не найден
Ген: methyl-accepting chemotaxis protein (VC0512) - не найден
5.3.1.11 Кластер RTX
Ген: RTX toxin RtxA (VC1451) - совпадение с референс-последовательностью 85,8 %
Ген: rtxC (VC1450) - совпадение с референс-последовательностью 99,13 %
Ген: RTX toxin transporter (VC1447) - не найден
5.3.1.12 Кластер MSHA
Ген: mshA (VC0409) - не найден
Ген: Regulatory protein CsrD (VC0398) - совпадение с референс-последовательностью 99,0 %
Ген: MSHA pilin protein MshD (VC0411) - не найден
5.3.1.13 Кластер генов системы секреции третьего типа (T3SS)
Ген: vcsN2 - не найден
Ген: vcsV2 - не найден
Ген: vcsC2 - не найден
Ген: vspD - не найден
5.3.1.14. Кластер генов системы секреции шестого типа (T6SS)
Ген: vasA (VCA0110) - совпадение с референс-последовательностью 99,72 %
Ген: vasF (VCA0115) - совпадение с референс-последовательностью 87,4 %
Ген: vasK (VCA0120) - совпадение с референс-последовательностью 98,5 %
Ген: vgrG3 (VCA0123) - не найден
Ген: hcp (VC1415) - совпадение с референс-последовательностью 82,8 %
5.2.1.15 Tol-кластер и локус vps
Ген: tolQ (VC1839) - совпадение с референс-последовательностью 99,0 %
Ген: TolA (VC1837) - совпадение с референс-последовательностью 99,25 %
Ген: TolR (VC1838) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
Ген: vpsA (VC0917) - совпадение с референс-последовательностью 97,9 %
Ген: vpsL (VC0934) - совпадение с референс-последовательностью 81,6 %
SXT-элемент (гены антибиотикорезистентности)
Ген: dfr18 (trimethoprim) - не найден
Ген: floR (chloramphenicol) - не найден
Ген: strA (streptomycin) - не найден
Ген: strB (streptomycin) - не найден
Ген: sulII (sulfamethoxazole) - не найден
Ген: aphAI (kanamycin) - не найден
Резистентность к бета-лактамным антибиотикам
Ген: TEM-63 (beta-lactamase) - не найден
Ген: blaP1 (beta-lactamase) - не найден
Ген: metallo-beta-lactamase superfamily protein - совпадение с референс-последовательностью 90,5 %
Важные гены
Ген: ToxT - не найден
Ген: ToxR - совпадение с референс-последовательностью 98,4 %
Ген: ToxS - совпадение с референс-последовательностью 99,43 %
