Последние сообщения

Страницы: [1] 2 3
1
Бактериофаги Vibrio cholerae / [phage7] Холерный бактериофаг El 2 (№ 7)
« Последний ответ от admin 03 Декабрь 2017, 11:20:18 »
Наименование организации, где был получен штамм бактериофага – ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора
Авторы бактериофага – Гаевская Н.Е., Тюрина А.В., Погожова М.П.
Почтовый адрес заявителя: 344002, г. Ростов-на-Дону, ул.М.Горького, 117/40
Видовое название штамма бактериофага – холерный бактериофаг, лизирующий Vibrio cholerae O1 серогруппы биовара El Tor

Паспорт фага
ПАСПОРТ
штамма холерного бактериофага El 2 (№ 7)

1.   Наименование организации, где был получен штамм бактериофага – ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора
2.   Авторы бактериофага – Гаевская Н.Е., Тюрина А.В., Погожова М.П.
3.   Почтовый адрес заявителя: 344002, г. Ростов-на-Дону, ул.М.Горького, 117/40
4.   Видовое название штамма бактериофага – холерный бактериофаг, лизирующий Vibrio cholerae O1 серогруппы биовара El Tor
5.    Причины депонирования – холерный бактериофаг El 2 (№ 7) активен в отношении V. cholerae серогруппы O1 биовара El Tor.
6.    Область использования – используется для разработки новых диагностических препаратов и научно-исследовательской работе.
7.   Способ получения фага – вирулентный мутант.
8.   Морфология бактериофага – Myoviridae: фаг с отростком сложного строения, чехол которого способен к сокращению (V морфогруппа по классификации А.С. Тихоненко)
9.   Размеры бактериофага – 453×510 Ǻ (многогранная головка), отросток c сокращающемся чехлом – 1023 Ǻ.
10.   Устойчивость к внешним факторам и действию химических веществ – фаг устойчив к воздействию хлороформа и температуры 60 0С
11.   Круг хозяев – V. cholerae О1 серогруппы биовара El Tor
12.   Спектр литической активности – 66,3%.
13.   Культуральные свойства – на газоне индикаторной культуры V. cholerae О1 серогруппы, биовара El Tor бактериофаг El 2 (№ 7) образует прозрачные негативные колонии диаметром 1,0-1,5 мм
14.   Характеристика одиночного цикла развития - ______________
15.   Серологические свойства – VII серотип
16.   Стабильность сохранения биологических свойств – в ампулах 1 год (срок наблюдения)
17.   Титр фага - n•109 БОЕ/мл

2
Бактериофаги Vibrio cholerae / [phage6] Холерный бактериофаг О1 (№6)
« Последний ответ от admin 03 Декабрь 2017, 11:19:08 »
Наименование организации, где был получен штамм бактериофага – ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора
Авторы бактериофага – Гаевская Н.Е., Тюрина А.В., Погожова М.П.
Почтовый адрес заявителя: 344002, г. Ростов-на-Дону, ул.М.Горького, 117/40
Видовое название штамма бактериофага – холерный бактериофаг, лизирующий Vibrio cholerae O1 серогруппы

Паспорт фага
ПАСПОРТ
штамма холерного бактериофага О1 (№ 6)
1.   Наименование организации, где был получен штамм бактериофага – ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора
2.   Авторы бактериофага – Гаевская Н.Е., Тюрина А.В., Погожова М.П.
3.   Почтовый адрес заявителя: 344002, г. Ростов-на-Дону, ул.М.Горького, 117/40
4.   Видовое название штамма бактериофага – холерный бактериофаг, лизирующий Vibrio cholerae O1 серогруппы
5.    Причины депонирования – холерный бактериофаг О1 (№ 6) активен в отношении V. cholerae серогруппы O1, биоваров Classical и El Tor, в том числе и к антибиотикоустойчивому штамму V.cholerae El Tor 19243 (стрептомицин, фуразолидон, налидиксовая кислота триметоприм/сульфаметоксазол,).
6.    Область использования – используется для разработки новых диагностических препаратов и научно-исследовательской работе.
7.   Способ получения фага – вирулентный мутант.
8.   Морфология бактериофага – Podoviridae: фаг c коротким несократимым хвостом (III морфогруппа по классификации А.С. Тихоненко)
9.   Размеры бактериофага – 453×510 Ǻ (многогранная головка), короткий отросток – 110 Ǻ.
10.   Устойчивость к внешним факторам и действию химических веществ – фаг устойчив к воздействию хлороформа и температуры 60 0С
11.   Круг хозяев – V. cholerae О1 серогруппы
12.   Спектр литической активности – 64,6%.
13.   Культуральные свойства – на газоне индикаторной культуры V. cholerae О1 серогруппы, биоваров Classical и El Tor, бактериофаг № 6 образует прозрачные негативные колонии диаметром
1,0-1,5мм
14.   Характеристика одиночного цикла развития - __________
15.   Серологические свойства – II серотип
16.   Стабильность сохранения биологических свойств – в ампулах 1 год (срок наблюдения)
17.   Титр фага - n•109 БОЕ/мл

3
Бактериофаги Vibrio cholerae / [phageC1] Холерный бактериофаг Cl
« Последний ответ от admin 03 Декабрь 2017, 11:16:07 »
Наименование организации, где был получен штамм бактериофага – ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора
Авторы бактериофага – Гаевская Н.Е., Тюрина А.В., Погожова М.П.
Почтовый адрес заявителя: 344002, г. Ростов-на-Дону, ул.М.Горького, 117/40
Видовое название штамма бактериофага – холерный бактериофаг, лизирующий Vibrio cholerae O1 серогруппы биовара Classical

Паспорт фага
ПАСПОРТ
штамма холерного бактериофага Cl

1.   Наименование организации, где был получен штамм бактериофага – ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора
2.   Авторы бактериофага – Гаевская Н.Е., Тюрина А.В., Погожова М.П.
3.   Почтовый адрес заявителя: 344002, г. Ростов-на-Дону, ул.М.Горького, 117/40
4.   Видовое название штамма бактериофага – холерный бактериофаг, лизирующий Vibrio cholerae O1 серогруппы биовара Classical
5.    Причины депонирования – холерный бактериофаг Cl активен в отношении V. cholerae серогруппы O1 биовара Classical с большим диапазоном литической активности.
6.    Область использования – используется для разработки новых диагностических препаратов и научно-исследовательской работе.
7.   Способ получения фага – вирулентный мутант.
8.   Морфология бактериофага – Podoviridae: фаг c коротким несократимым хвостом (III морфогруппа по классификации А.С. Тихоненко)
9.   Размеры бактериофага – 451×533 Ǻ (многогранная головка), короткий отросток – 113 Ǻ.
10.   Устойчивость к внешним факторам и действию химических веществ – фаг устойчив к воздействию хлороформа и температуры 60 0С
11.   Круг хозяев – V. cholerae О1 серогруппы биовара Classical
12.   Спектр литической активности – 83,3%.
13.   Культуральные свойства – на газоне индикаторной культуры V. cholerae О1 серогруппы биовара Classical бактериофаг Cl образует прозрачные негативные колонии диаметром 1,5-2 мм
14.   Характеристика одиночного цикла развития – минимальный латентный период 47±3 мин., средняя урожайность 130±10 корпускул
15.   Серологические свойства – III серотип
16.   Стабильность сохранения биологических свойств – в ампулах 1 год (срок наблюдения)
17.   Титр фага - n•109 БОЕ/мл

4
Vibrio cholerae O1 / [vc434] V cholerae 434 [2015] [Краснодарский край] [вода]
« Последний ответ от admin 02 Апрель 2016, 17:38:27 »
Штамм: 434
Музейный номер:
Дата выделения: 2015 год
Объект выделения: вода
Регион: Краснодарский край
Характеристики штамма: ctx- tcp-

Авторы:
Учреждение: ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора

Проверка SeqAnalyzer
5.3.1.1 Принадлежность к виду V. cholerae
     Ген: ompW (VCA0867) - не найден
     Ген: Коллагеназа (VC1650) - совпадение с референс-последовательностью 97,2 %
     Ген: VCA0164 - совпадение с референс-последовательностью 89,1 %

5.3.1.2 Серогруппа
     Ген: О1 (ген wbe) - совпадение с референс-последовательностью 99,95 %
     Ген: O139 (ген wbf) - не найден

5.3.1.3 Биовары
     Ген: hlyA Eltor - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: hlyA classical - совпадение с референс-последовательностью 94,6 %
     Ген: rtxC Eltor (VC1450) - совпадение с референс-последовательностью 99,13 %
     Ген: cas3 V. cholerae cholerae - не найден

5.3.1.4 Профаг CTX
     Ген: cep (VC1461) - не найден
     Ген: orfU (VC1460) - не найден
     Ген: ace (VC1459) - не найден
     Ген: zot (VC1458) - не найден
     Ген: ctxA (VC1457) - не найден
     Ген: ctxB1 (Classical) - не найден
     Ген: ctxB3 (El Tor) - не найден
     Ген: ctxB7 ("Гаитянский тип") - не найден

5.3.1.5 Профаг RSI
     Ген: RstR (VC1464) - не найден
     Ген: RstA (VC1454) - не найден
     Ген: rstB (VC1453) - не найден
     Ген: rstС (VC1452) - не найден
     Ген: rstR El Tor(VC1452) - не найден
     Ген: rstR Classical - не найден

5.3.1.6 Токсин-связанный криптический элемент TLC
     Ген: VC1471 - не найден

5.3.1.7 Остров патогенности VPI-I
     Ген: aldA (VC0819) - не найден
     Ген: mop (VC0823) - не найден
     Ген: tcpA (VC0828) - не найден
     Ген: toxT (VC0838) - не найден
     Ген: acfB (VC0840) - не найден

5.3.1.8  Остров патогенности VPI-II
     Ген: VC1757 - совпадение с референс-последовательностью 80,2 %
     Ген: VC1810 - не найден
     Ген: хеликаза (VC1760) - не найден
     Ген: nanH (VC1784) - не найден
     Ген: VC1803 - не найден

5.3.1.9 Остров пандемичности VSP-I
     Ген: VC0175 - не найден
     Ген: VC0178 - не найден
     Ген: VC0180 - не найден
     Ген: VC0183 - не найден
     Ген: VC0185 - не найден

5.3.1.10 Остров пандемичности VSP-II
     Ген: VC0490 - не найден
     Ген: VC0496 - не найден
     Ген: type IV pilin (VC0502) - не найден
     Ген: methyl-accepting chemotaxis protein (VC0512) - не найден

5.3.1.11 Кластер RTX
     Ген: RTX toxin RtxA (VC1451) - совпадение с референс-последовательностью 85,8 %
     Ген: rtxC (VC1450) - совпадение с референс-последовательностью 99,13 %
     Ген: RTX toxin transporter (VC1447) - не найден

5.3.1.12 Кластер MSHA
     Ген: mshA (VC0409) - не найден
     Ген: Regulatory protein CsrD (VC0398) - совпадение с референс-последовательностью 99,0 %
     Ген: MSHA pilin protein MshD (VC0411) - не найден

5.3.1.13 Кластер генов системы секреции третьего типа (T3SS)
     Ген: vcsN2 - не найден
     Ген: vcsV2 - не найден
     Ген: vcsC2 - не найден
     Ген: vspD - не найден

5.3.1.14. Кластер генов системы секреции шестого типа (T6SS)
     Ген: vasA (VCA0110) - совпадение с референс-последовательностью 99,72 %
     Ген: vasF (VCA0115) - совпадение с референс-последовательностью 87,4 %
     Ген: vasK (VCA0120) - совпадение с референс-последовательностью 98,5 %
     Ген: vgrG3 (VCA0123) - не найден
     Ген: hcp (VC1415) - совпадение с референс-последовательностью 82,8 %

5.2.1.15 Tol-кластер и локус vps
     Ген: tolQ (VC1839) - совпадение с референс-последовательностью 99,0 %
     Ген: TolA (VC1837) - совпадение с референс-последовательностью 99,25 %
     Ген: TolR (VC1838) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: vpsA (VC0917) - совпадение с референс-последовательностью 97,9 %
     Ген: vpsL (VC0934) - совпадение с референс-последовательностью 81,6 %

SXT-элемент (гены антибиотикорезистентности)
     Ген: dfr18 (trimethoprim) - не найден
     Ген: floR (chloramphenicol) - не найден
     Ген: strA (streptomycin) - не найден
     Ген: strB (streptomycin) - не найден
     Ген: sulII (sulfamethoxazole) - не найден
     Ген: aphAI (kanamycin) - не найден

Резистентность к бета-лактамным антибиотикам
     Ген: TEM-63 (beta-lactamase) - не найден
     Ген: blaP1  (beta-lactamase) - не найден
     Ген: metallo-beta-lactamase superfamily protein - совпадение с референс-последовательностью 90,5 %

Важные гены
     Ген: ToxT - не найден
     Ген: ToxR - совпадение с референс-последовательностью 98,4 %
     Ген: ToxS - совпадение с референс-последовательностью 99,43 %
5
Штамм: V cholerae nonO1/nonO139 18363
Дата выделения: 1987 год
Объект выделения: человек
Регион: Uzbekistan

Авторы: Писанов Р.В., Монахова Е.В., Титова С.В.
Учреждение: ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора

SeqAnalyzer
5.3.1.1 Принадлежность к виду V. cholerae
     Ген: ompW (VCA0867) - совпадение с референс-последовательностью 99,16 %
     Ген: Коллагеназа (VC1650) - совпадение с референс-последовательностью 98,7 %
     Ген: VCA0164 - совпадение с референс-последовательностью 98,3 %

5.3.1.2 Серогруппа
     Ген: О1 (ген wbe) - не найден
     Ген: O139 (ген wbf) - не найден

5.3.1.3 Биовары
     Ген: hlyA Eltor - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: hlyA classical - совпадение с референс-последовательностью 94,6 %
     Ген: rtxC Eltor (VC1450) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: cas3 V. cholerae cholerae - не найден

5.3.1.4 Профаг CTX
     Ген: cep (VC1461) - совпадение с референс-последовательностью 98,0 %
     Ген: orfU (VC1460) - совпадение с референс-последовательностью 97,4 %
     Ген: ace (VC1459) - совпадение с референс-последовательностью 99,32 %
     Ген: zot (VC1458) - совпадение с референс-последовательностью 96,9 %
     Ген: ctxA (VC1457) - не найден
     Ген: ctxB1 (Classical) - не найден
     Ген: ctxB3 (El Tor) - не найден
     Ген: ctxB7 ("Гаитянский тип") - не найден

5.3.1.5 Профаг RSI
     Ген: RstR (VC1464) - не найден
     Ген: RstA (VC1454) - не найден
     Ген: rstB (VC1453) - не найден
     Ген: rstС (VC1452) - не найден
     Ген: rstR El Tor(VC1452) - не найден
     Ген: rstR Classical - не найден

5.3.1.6 Токсин-связанный криптический элемент TLC
     Ген: VC1471 - не найден

5.3.1.7 Остров патогенности VPI-I
     Ген: aldA (VC0819) - не найден
     Ген: mop (VC0823) - совпадение с референс-последовательностью 98,0 %
     Ген: tcpA (VC0828) - совпадение с референс-последовательностью 80,3 %
     Ген: toxT (VC0838) - не найден
     Ген: acfB (VC0840) - совпадение с референс-последовательностью 82,5 %

5.3.1.8  Остров патогенности VPI-II
     Ген: VC1757 - совпадение с референс-последовательностью 95,8 %
     Ген: VC1810 - совпадение с референс-последовательностью 97,5 %
     Ген: хеликаза (VC1760) - не найден
     Ген: nanH (VC1784) - совпадение с референс-последовательностью 94,2 %
     Ген: VC1803 - не найден

5.3.1.9 Остров пандемичности VSP-I
     Ген: VC0175 - не найден
     Ген: VC0178 - не найден
     Ген: VC0180 - не найден
     Ген: VC0183 - не найден
     Ген: VC0185 - совпадение с референс-последовательностью 87,7 %

5.3.1.10 Остров пандемичности VSP-II
     Ген: VC0490 - совпадение с референс-последовательностью 99,90 %
     Ген: VC0496 - совпадение с референс-последовательностью 98,3 %
     Ген: type IV pilin (VC0502) - не найден
     Ген: methyl-accepting chemotaxis protein (VC0512) - не найден

5.3.1.11 Кластер RTX
     Ген: RTX toxin RtxA (VC1451) - совпадение с референс-последовательностью 97,1 %
     Ген: rtxC (VC1450) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: RTX toxin transporter (VC1447) - совпадение с референс-последовательностью 99,00 %

5.3.1.12 Кластер MSHA
     Ген: mshA (VC0409) - не найден
     Ген: Regulatory protein CsrD (VC0398) - совпадение с референс-последовательностью 98,8 %
     Ген: MSHA pilin protein MshD (VC0411) - совпадение с референс-последовательностью 98,4 %

5.3.1.13 Кластер генов системы секреции третьего типа (T3SS)
     Ген: vcsN2 - совпадение с референс-последовательностью 99,05 %
     Ген: vcsV2 - совпадение с референс-последовательностью 99,31 %
     Ген: vcsC2 - совпадение с референс-последовательностью 98,7 %
     Ген: vspD - совпадение с референс-последовательностью 99,0 %

5.3.1.14. Кластер генов системы секреции шестого типа (T6SS)
     Ген: vasA (VCA0110) - совпадение с референс-последовательностью 99,55 %
     Ген: vasF (VCA0115) - совпадение с референс-последовательностью 99,61 %
     Ген: vasK (VCA0120) - совпадение с референс-последовательностью 98,6 %
     Ген: vgrG3 (VCA0123) - совпадение с референс-последовательностью 94,5 %
     Ген: hcp (VC1415) - совпадение с референс-последовательностью 98,3 %

5.2.1.15 Tol-кластер и локус vps
     Ген: tolQ (VC1839) - совпадение с референс-последовательностью 98,7 %
     Ген: TolA (VC1837) - совпадение с референс-последовательностью 99,25 %
     Ген: TolR (VC1838) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: vpsA (VC0917) - совпадение с референс-последовательностью 99,91 %
     Ген: vpsL (VC0934) - совпадение с референс-последовательностью 98,9 %

SXT-элемент (гены антибиотикорезистентности)
     Ген: dfr18 (trimethoprim) - не найден
     Ген: floR (chloramphenicol) - не найден
     Ген: strA (streptomycin) - не найден
     Ген: strB (streptomycin) - не найден
     Ген: sulII (sulfamethoxazole) - не найден
     Ген: aphAI (kanamycin) - не найден

Резистентность к бета-лактамным антибиотикам
     Ген: TEM-63 (beta-lactamase) - не найден
     Ген: blaP1  (beta-lactamase) - не найден
     Ген: metallo-beta-lactamase superfamily protein - совпадение с референс-последовательностью 99,65 %

Важные гены
     Ген: ToxT - не найден
     Ген: ToxR - совпадение с референс-последовательностью 98,5 %
     Ген: ToxS - совпадение с референс-последовательностью 98,3 %

Островок VcB
     Ген: фрагмент гена, с повтором VcB (VCA0283)-1 - не найден
     Ген: фрагмент гена, с повтором VcB (VCA0283)-2 - не найден
     Ген: usp (VCA0284) - не найден
     Ген: VCA0285 - не найден


Вариабельные тандемные повторы
     VcL (промоторная область ctx) - не найден
     VcA (VCA0171) - 5 повторов
     VcB (VCA0283) - не найден
     VcC (VC0147) - 5 повторов
     VcD (VC0436-VC0437) - 3 повторов
     VcG (VC1650) - 3 повторов
6
Штамм: V cholerae nonO1/nonO139 18362
Дата выделения: 1987 год
Объект выделения: человек
Регион: Uzbekistan

Авторы: Писанов Р.В., Монахова Е.В., Титова С.В.
Учреждение: ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора

SeqAnalyzer
5.3.1.1 Принадлежность к виду V. cholerae
     Ген: ompW (VCA0867) - совпадение с референс-последовательностью 99,01 %
     Ген: Коллагеназа (VC1650) - совпадение с референс-последовательностью 98,7 %
     Ген: VCA0164 - совпадение с референс-последовательностью 98,3 %

5.3.1.2 Серогруппа
     Ген: О1 (ген wbe) - не найден
     Ген: O139 (ген wbf) - не найден

5.3.1.3 Биовары
     Ген: hlyA Eltor - совпадение с референс-последовательностью 99,0 %
     Ген: hlyA classical - совпадение с референс-последовательностью 93,7 %
     Ген: rtxC Eltor (VC1450) - совпадение с референс-последовательностью 99,78 %
     Ген: cas3 V. cholerae cholerae - не найден

5.3.1.4 Профаг CTX
     Ген: cep (VC1461) - совпадение с референс-последовательностью 98,0 %
     Ген: orfU (VC1460) - совпадение с референс-последовательностью 97,4 %
     Ген: ace (VC1459) - совпадение с референс-последовательностью 99,32 %
     Ген: zot (VC1458) - совпадение с референс-последовательностью 96,9 %
     Ген: ctxA (VC1457) - не найден
     Ген: ctxB1 (Classical) - не найден
     Ген: ctxB3 (El Tor) - не найден
     Ген: ctxB7 ("Гаитянский тип") - не найден

5.3.1.5 Профаг RSI
     Ген: RstR (VC1464) - не найден
     Ген: RstA (VC1454) - не найден
     Ген: rstB (VC1453) - не найден
     Ген: rstС (VC1452) - не найден
     Ген: rstR El Tor(VC1452) - не найден
     Ген: rstR Classical - не найден

5.3.1.6 Токсин-связанный криптический элемент TLC
     Ген: VC1471 - не найден

5.3.1.7 Остров патогенности VPI-I
     Ген: aldA (VC0819) - совпадение с референс-последовательностью 80,4 %
     Ген: mop (VC0823) - совпадение с референс-последовательностью 98,0 %
     Ген: tcpA (VC0828) - совпадение с референс-последовательностью 80,3 %
     Ген: toxT (VC0838) - не найден
     Ген: acfB (VC0840) - не найден

5.3.1.8  Остров патогенности VPI-II
     Ген: VC1757 - совпадение с референс-последовательностью 97,3 %
     Ген: VC1810 - совпадение с референс-последовательностью 96,3 %
     Ген: хеликаза (VC1760) - не найден
     Ген: nanH (VC1784) - совпадение с референс-последовательностью 94,2 %
     Ген: VC1803 - не найден

5.3.1.9 Остров пандемичности VSP-I
     Ген: VC0175 - не найден
     Ген: VC0178 - не найден
     Ген: VC0180 - не найден
     Ген: VC0183 - не найден
     Ген: VC0185 - совпадение с референс-последовательностью 87,7 %

5.3.1.10 Остров пандемичности VSP-II
     Ген: VC0490 - не найден
     Ген: VC0496 - не найден
     Ген: type IV pilin (VC0502) - не найден
     Ген: methyl-accepting chemotaxis protein (VC0512) - не найден

5.3.1.11 Кластер RTX
     Ген: RTX toxin RtxA (VC1451) - совпадение с референс-последовательностью 97,6 %
     Ген: rtxC (VC1450) - совпадение с референс-последовательностью 99,78 %
     Ген: RTX toxin transporter (VC1447) - совпадение с референс-последовательностью 98,6 %

5.3.1.12 Кластер MSHA
     Ген: mshA (VC0409) - не найден
     Ген: Regulatory protein CsrD (VC0398) - совпадение с референс-последовательностью 99,0 %
     Ген: MSHA pilin protein MshD (VC0411) - совпадение с референс-последовательностью 98,4 %

5.3.1.13 Кластер генов системы секреции третьего типа (T3SS)
     Ген: vcsN2 - совпадение с референс-последовательностью 98,8 %
     Ген: vcsV2 - совпадение с референс-последовательностью 98,8 %
     Ген: vcsC2 - совпадение с референс-последовательностью 98,7 %
     Ген: vspD - совпадение с референс-последовательностью 99,05 %

5.3.1.14. Кластер генов системы секреции шестого типа (T6SS)
     Ген: vasA (VCA0110) - совпадение с референс-последовательностью 99,55 %
     Ген: vasF (VCA0115) - совпадение с референс-последовательностью 99,0 %
     Ген: vasK (VCA0120) - совпадение с референс-последовательностью 98,9 %
     Ген: vgrG3 (VCA0123) - совпадение с референс-последовательностью 93,1 %
     Ген: hcp (VC1415) - не найден

5.2.1.15 Tol-кластер и локус vps
     Ген: tolQ (VC1839) - совпадение с референс-последовательностью 98,7 %
     Ген: TolA (VC1837) - совпадение с референс-последовательностью 99,25 %
     Ген: TolR (VC1838) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: vpsA (VC0917) - совпадение с референс-последовательностью 98,7 %
     Ген: vpsL (VC0934) - совпадение с референс-последовательностью 98,9 %

SXT-элемент (гены антибиотикорезистентности)
     Ген: dfr18 (trimethoprim) - не найден
     Ген: floR (chloramphenicol) - не найден
     Ген: strA (streptomycin) - не найден
     Ген: strB (streptomycin) - не найден
     Ген: sulII (sulfamethoxazole) - не найден
     Ген: aphAI (kanamycin) - не найден

Резистентность к бета-лактамным антибиотикам
     Ген: TEM-63 (beta-lactamase) - не найден
     Ген: blaP1  (beta-lactamase) - не найден
     Ген: metallo-beta-lactamase superfamily protein - совпадение с референс-последовательностью 99,77 %

Важные гены
     Ген: ToxT - не найден
     Ген: ToxR - совпадение с референс-последовательностью 98,5 %
     Ген: ToxS - совпадение с референс-последовательностью 98,3 %

Островок VcB
     Ген: фрагмент гена, с повтором VcB (VCA0283)-1 - не найден
     Ген: фрагмент гена, с повтором VcB (VCA0283)-2 - не найден
     Ген: usp (VCA0284) - не найден
     Ген: VCA0285 - не найден


Вариабельные тандемные повторы
     VcL (промоторная область ctx) - не найден
     VcA (VCA0171) - 5 повторов
     VcB (VCA0283) - не найден
     VcC (VC0147) - 5 повторов
     VcD (VC0436-VC0437) - 4 повторов
     VcG (VC1650) - 3 повторов
7
Штамм: V cholerae nonO1/nonO139 17449
Дата выделения: 1987 год
Объект выделения: человек
Регион: Uzbekistan

Авторы: Писанов Р.В., Монахова Е.В., Титова С.В.
Учреждение: ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора

SeqAnalyzer
5.3.1.1 Принадлежность к виду V. cholerae
     Ген: ompW (VCA0867) - совпадение с референс-последовательностью 99,39 %
     Ген: Коллагеназа (VC1650) - совпадение с референс-последовательностью 98,6 %
     Ген: VCA0164 - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %

5.3.1.2 Серогруппа
     Ген: О1 (ген wbe) - не найден
     Ген: O139 (ген wbf) - не найден

5.3.1.3 Биовары
     Ген: hlyA Eltor - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: hlyA classical - совпадение с референс-последовательностью 94,6 %
     Ген: rtxC Eltor (VC1450) - совпадение с референс-последовательностью 99,35 %
     Ген: cas3 V. cholerae cholerae - не найден

5.3.1.4 Профаг CTX
     Ген: cep (VC1461) - совпадение с референс-последовательностью 98,6 %
     Ген: orfU (VC1460) - совпадение с референс-последовательностью 94,3 %
     Ген: ace (VC1459) - совпадение с референс-последовательностью 99,32 %
     Ген: zot (VC1458) - совпадение с референс-последовательностью 97,4 %
     Ген: ctxA (VC1457) - не найден
     Ген: ctxB1 (Classical) - не найден
     Ген: ctxB3 (El Tor) - не найден
     Ген: ctxB7 ("Гаитянский тип") - не найден

5.3.1.5 Профаг RSI
     Ген: RstR (VC1464) - не найден
     Ген: RstA (VC1454) - совпадение с референс-последовательностью 97,6 %
     Ген: rstB (VC1453) - совпадение с референс-последовательностью 95,1 %
     Ген: rstС (VC1452) - не найден
     Ген: rstR El Tor(VC1452) - не найден
     Ген: rstR Classical - не найден

5.3.1.6 Токсин-связанный криптический элемент TLC
     Ген: VC1471 - не найден

5.3.1.7 Остров патогенности VPI-I
     Ген: aldA (VC0819) - совпадение с референс-последовательностью 91,4 %
     Ген: mop (VC0823) - совпадение с референс-последовательностью 97,5 %
     Ген: tcpA (VC0828) - не найден
     Ген: toxT (VC0838) - не найден
     Ген: acfB (VC0840) - совпадение с референс-последовательностью 98,4 %

5.3.1.8  Остров патогенности VPI-II
     Ген: VC1757 - совпадение с референс-последовательностью 96,7 %
     Ген: VC1810 - совпадение с референс-последовательностью 96,1 %
     Ген: хеликаза (VC1760) - не найден
     Ген: nanH (VC1784) - не найден
     Ген: VC1803 - не найден

5.3.1.9 Остров пандемичности VSP-I
     Ген: VC0175 - не найден
     Ген: VC0178 - не найден
     Ген: VC0180 - не найден
     Ген: VC0183 - не найден
     Ген: VC0185 - не найден

5.3.1.10 Остров пандемичности VSP-II
     Ген: VC0490 - не найден
     Ген: VC0496 - не найден
     Ген: type IV pilin (VC0502) - не найден
     Ген: methyl-accepting chemotaxis protein (VC0512) - не найден

5.3.1.11 Кластер RTX
     Ген: RTX toxin RtxA (VC1451) - совпадение с референс-последовательностью 97,1 %
     Ген: rtxC (VC1450) - совпадение с референс-последовательностью 99,35 %
     Ген: RTX toxin transporter (VC1447) - совпадение с референс-последовательностью 98,9 %

5.3.1.12 Кластер MSHA
     Ген: mshA (VC0409) - не найден
     Ген: Regulatory protein CsrD (VC0398) - совпадение с референс-последовательностью 98,6 %
     Ген: MSHA pilin protein MshD (VC0411) - совпадение с референс-последовательностью 98,9 %

5.3.1.13 Кластер генов системы секреции третьего типа (T3SS)
     Ген: vcsN2 - совпадение с референс-последовательностью 99,21 %
     Ген: vcsV2 - совпадение с референс-последовательностью 99,26 %
     Ген: vcsC2 - совпадение с референс-последовательностью 99,45 %
     Ген: vspD - совпадение с референс-последовательностью 99,43 %

5.3.1.14. Кластер генов системы секреции шестого типа (T6SS)
     Ген: vasA (VCA0110) - совпадение с референс-последовательностью 99,77 %
     Ген: vasF (VCA0115) - совпадение с референс-последовательностью 99,0 %
     Ген: vasK (VCA0120) - совпадение с референс-последовательностью 98,9 %
     Ген: vgrG3 (VCA0123) - совпадение с референс-последовательностью 93,6 %
     Ген: hcp (VC1415) - совпадение с референс-последовательностью 98,7 %

5.2.1.15 Tol-кластер и локус vps
     Ген: tolQ (VC1839) - совпадение с референс-последовательностью 99,85 %
     Ген: TolA (VC1837) - совпадение с референс-последовательностью 99,53 %
     Ген: TolR (VC1838) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: vpsA (VC0917) - совпадение с референс-последовательностью 98,9 %
     Ген: vpsL (VC0934) - совпадение с референс-последовательностью 84,9 %

SXT-элемент (гены антибиотикорезистентности)
     Ген: dfr18 (trimethoprim) - не найден
     Ген: floR (chloramphenicol) - не найден
     Ген: strA (streptomycin) - не найден
     Ген: strB (streptomycin) - не найден
     Ген: sulII (sulfamethoxazole) - не найден
     Ген: aphAI (kanamycin) - не найден

Резистентность к бета-лактамным антибиотикам
     Ген: TEM-63 (beta-lactamase) - не найден
     Ген: blaP1  (beta-lactamase) - не найден
     Ген: metallo-beta-lactamase superfamily protein - совпадение с референс-последовательностью 99,88 %

Важные гены
     Ген: ToxT - не найден
     Ген: ToxR - совпадение с референс-последовательностью 98,4 %
     Ген: ToxS - совпадение с референс-последовательностью 99,62 %

Островок VcB
     Ген: фрагмент гена, с повтором VcB (VCA0283)-1 - не найден
     Ген: фрагмент гена, с повтором VcB (VCA0283)-2 - не найден
     Ген: usp (VCA0284) - не найден
     Ген: VCA0285 - не найден


Вариабельные тандемные повторы
     VcL (промоторная область ctx) - не найден
     VcA (VCA0171) - 6 повторов
     VcB (VCA0283) - не найден
     VcC (VC0147) - 5 повторов
     VcD (VC0436-VC0437) - 3 повторов
     VcG (VC1650) - 4 повторов
8
Штамм: V cholerae nonO1/nonO139 16150
Дата выделения: 1987 год
Объект выделения: человек
Регион: Uzbekistan

Авторы: Писанов Р.В., Монахова Е.В., Титова С.В.
Учреждение: ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора

SeqAnalyzer
5.3.1.1 Принадлежность к виду V. cholerae
     Ген: ompW (VCA0867) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: Коллагеназа (VC1650) - совпадение с референс-последовательностью 99,21 %
     Ген: VCA0164 - совпадение с референс-последовательностью 98,6 %

5.3.1.2 Серогруппа
     Ген: О1 (ген wbe) - не найден
     Ген: O139 (ген wbf) - не найден

5.3.1.3 Биовары
     Ген: hlyA Eltor - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: hlyA classical - совпадение с референс-последовательностью 94,6 %
     Ген: rtxC Eltor (VC1450) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: cas3 V. cholerae cholerae - не найден

5.3.1.4 Профаг CTX
     Ген: cep (VC1461) - совпадение с референс-последовательностью 98,8 %
     Ген: orfU (VC1460) - совпадение с референс-последовательностью 98,7 %
     Ген: ace (VC1459) - совпадение с референс-последовательностью 99,0 %
     Ген: zot (VC1458) - совпадение с референс-последовательностью 98,2 %
     Ген: ctxA (VC1457) - совпадение с референс-последовательностью 99,87 %
     Ген: ctxB1 (Classical) - совпадение с референс-последовательностью 99,47 %
     Ген: ctxB3 (El Tor) - совпадение с референс-последовательностью 98,9 %
     Ген: ctxB7 ("Гаитянский тип") - совпадение с референс-последовательностью 99,20 %

5.3.1.5 Профаг RSI
     Ген: RstR (VC1464) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: RstA (VC1454) - совпадение с референс-последовательностью 98,9 %
     Ген: rstB (VC1453) - совпадение с референс-последовательностью 94,1 %
     Ген: rstС (VC1452) - не найден
     Ген: rstR El Tor(VC1452) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: rstR Classical - не найден

5.3.1.6 Токсин-связанный криптический элемент TLC
     Ген: VC1471 - не найден

5.3.1.7 Остров патогенности VPI-I
     Ген: aldA (VC0819) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: mop (VC0823) - совпадение с референс-последовательностью 97,7 %
     Ген: tcpA (VC0828) - совпадение с референс-последовательностью 81,4 %
     Ген: toxT (VC0838) - не найден
     Ген: acfB (VC0840) - не найден

5.3.1.8  Остров патогенности VPI-II
     Ген: VC1757 - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: VC1810 - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: хеликаза (VC1760) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: nanH (VC1784) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: VC1803 - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %

5.3.1.9 Остров пандемичности VSP-I
     Ген: VC0175 - не найден
     Ген: VC0178 - не найден
     Ген: VC0180 - не найден
     Ген: VC0183 - не найден
     Ген: VC0185 - не найден

5.3.1.10 Остров пандемичности VSP-II
     Ген: VC0490 - не найден
     Ген: VC0496 - не найден
     Ген: type IV pilin (VC0502) - не найден
     Ген: methyl-accepting chemotaxis protein (VC0512) - не найден

5.3.1.11 Кластер RTX
     Ген: RTX toxin RtxA (VC1451) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: rtxC (VC1450) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: RTX toxin transporter (VC1447) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %

5.3.1.12 Кластер MSHA
     Ген: mshA (VC0409) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: Regulatory protein CsrD (VC0398) - совпадение с референс-последовательностью 99,85 %
     Ген: MSHA pilin protein MshD (VC0411) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %

5.3.1.13 Кластер генов системы секреции третьего типа (T3SS)
     Ген: vcsN2 - не найден
     Ген: vcsV2 - не найден
     Ген: vcsC2 - не найден
     Ген: vspD - не найден

5.3.1.14. Кластер генов системы секреции шестого типа (T6SS)
     Ген: vasA (VCA0110) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: vasF (VCA0115) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: vasK (VCA0120) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: vgrG3 (VCA0123) - совпадение с референс-последовательностью 99,92 %
     Ген: hcp (VC1415) - совпадение с референс-последовательностью 82,6 %

5.2.1.15 Tol-кластер и локус vps
     Ген: tolQ (VC1839) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: TolA (VC1837) - совпадение с референс-последовательностью 82,5 %
     Ген: TolR (VC1838) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: vpsA (VC0917) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: vpsL (VC0934) - совпадение с референс-последовательностью 87,8 %

SXT-элемент (гены антибиотикорезистентности)
     Ген: dfr18 (trimethoprim) - не найден
     Ген: floR (chloramphenicol) - не найден
     Ген: strA (streptomycin) - не найден
     Ген: strB (streptomycin) - не найден
     Ген: sulII (sulfamethoxazole) - не найден
     Ген: aphAI (kanamycin) - не найден

Резистентность к бета-лактамным антибиотикам
     Ген: TEM-63 (beta-lactamase) - не найден
     Ген: blaP1  (beta-lactamase) - не найден
     Ген: metallo-beta-lactamase superfamily protein - совпадение с референс-последовательностью 99,88 %

Важные гены
     Ген: ToxT - не найден
     Ген: ToxR - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: ToxS - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %

Островок VcB
     Ген: фрагмент гена, с повтором VcB (VCA0283)-1 - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: фрагмент гена, с повтором VcB (VCA0283)-2 - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: usp (VCA0284) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: VCA0285 - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %


Вариабельные тандемные повторы
     VcL (промоторная область ctx) - не найден
     VcA (VCA0171) - 6 повторов
     VcB (VCA0283) - не найден
     VcC (VC0147) - не найден
     VcD (VC0436-VC0437) - не найден
     VcG (VC1650) - 4 повторов
9
Штамм: V cholerae nonO1/nonO139 R-19260
Дата выделения: 2011 год
Объект выделения: человек
Регион: Россия

Авторы: Писанов Р.В., Монахова Е.В., Архангенльская И.В.
Учреждение: ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора

SeqAnalyzer
5.3.1.1 Принадлежность к виду V. cholerae
     Ген: ompW (VCA0867) - совпадение с референс-последовательностью 99,39 %
     Ген: Коллагеназа (VC1650) - совпадение с референс-последовательностью 80,7 %
     Ген: VCA0164 - совпадение с референс-последовательностью 98,3 %

5.3.1.2 Серогруппа
     Ген: О1 (ген wbe) - не найден
     Ген: O139 (ген wbf) - не найден

5.3.1.3 Биовары
     Ген: hlyA Eltor - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: hlyA classical - совпадение с референс-последовательностью 94,6 %
     Ген: rtxC Eltor (VC1450) - совпадение с референс-последовательностью 99,57 %
     Ген: cas3 V. cholerae cholerae - совпадение с референс-последовательностью 95,5 %

5.3.1.4 Профаг CTX
     Ген: cep (VC1461) - не найден
     Ген: orfU (VC1460) - не найден
     Ген: ace (VC1459) - не найден
     Ген: zot (VC1458) - не найден
     Ген: ctxA (VC1457) - не найден
     Ген: ctxB1 (Classical) - не найден
     Ген: ctxB3 (El Tor) - не найден
     Ген: ctxB7 ("Гаитянский тип") - не найден

5.3.1.5 Профаг RSI
     Ген: RstR (VC1464) - не найден
     Ген: RstA (VC1454) - не найден
     Ген: rstB (VC1453) - не найден
     Ген: rstС (VC1452) - не найден
     Ген: rstR El Tor(VC1452) - не найден
     Ген: rstR Classical - не найден

5.3.1.6 Токсин-связанный криптический элемент TLC
     Ген: VC1471 - не найден

5.3.1.7 Остров патогенности VPI-I
     Ген: aldA (VC0819) - не найден
     Ген: mop (VC0823) - не найден
     Ген: tcpA (VC0828) - не найден
     Ген: toxT (VC0838) - не найден
     Ген: acfB (VC0840) - не найден

5.3.1.8  Остров патогенности VPI-II
     Ген: VC1757 - совпадение с референс-последовательностью 96,9 %
     Ген: VC1810 - совпадение с референс-последовательностью 97,1 %
     Ген: хеликаза (VC1760) - не найден
     Ген: nanH (VC1784) - не найден
     Ген: VC1803 - не найден

5.3.1.9 Остров пандемичности VSP-I
     Ген: VC0175 - не найден
     Ген: VC0178 - не найден
     Ген: VC0180 - не найден
     Ген: VC0183 - не найден
     Ген: VC0185 - не найден

5.3.1.10 Остров пандемичности VSP-II
     Ген: VC0490 - не найден
     Ген: VC0496 - совпадение с референс-последовательностью 98,7 %
     Ген: type IV pilin (VC0502) - не найден
     Ген: methyl-accepting chemotaxis protein (VC0512) - не найден

5.3.1.11 Кластер RTX
     Ген: RTX toxin RtxA (VC1451) - совпадение с референс-последовательностью 81,0 %
     Ген: rtxC (VC1450) - совпадение с референс-последовательностью 99,57 %
     Ген: RTX toxin transporter (VC1447) - совпадение с референс-последовательностью 98,8 %

5.3.1.12 Кластер MSHA
     Ген: mshA (VC0409) - не найден
     Ген: Regulatory protein CsrD (VC0398) - совпадение с референс-последовательностью 98,1 %
     Ген: MSHA pilin protein MshD (VC0411) - совпадение с референс-последовательностью 94,5 %

5.3.1.13 Кластер генов системы секреции третьего типа (T3SS)
     Ген: vcsN2 - не найден
     Ген: vcsV2 - не найден
     Ген: vcsC2 - не найден
     Ген: vspD - не найден

5.3.1.14. Кластер генов системы секреции шестого типа (T6SS)
     Ген: vasA (VCA0110) - совпадение с референс-последовательностью 95,5 %
     Ген: vasF (VCA0115) - совпадение с референс-последовательностью 99,10 %
     Ген: vasK (VCA0120) - совпадение с референс-последовательностью 98,7 %
     Ген: vgrG3 (VCA0123) - совпадение с референс-последовательностью 96,0 %
     Ген: hcp (VC1415) - не найден

5.2.1.15 Tol-кластер и локус vps
     Ген: tolQ (VC1839) - совпадение с референс-последовательностью 99,71 %
     Ген: TolA (VC1837) - совпадение с референс-последовательностью 99,72 %
     Ген: TolR (VC1838) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: vpsA (VC0917) - совпадение с референс-последовательностью 98,4 %
     Ген: vpsL (VC0934) - совпадение с референс-последовательностью 99,14 %

SXT-элемент (гены антибиотикорезистентности)
     Ген: dfr18 (trimethoprim) - не найден
     Ген: floR (chloramphenicol) - не найден
     Ген: strA (streptomycin) - не найден
     Ген: strB (streptomycin) - не найден
     Ген: sulII (sulfamethoxazole) - не найден
     Ген: aphAI (kanamycin) - не найден

Резистентность к бета-лактамным антибиотикам
     Ген: TEM-63 (beta-lactamase) - не найден
     Ген: blaP1  (beta-lactamase) - не найден
     Ген: metallo-beta-lactamase superfamily protein - совпадение с референс-последовательностью 99,65 %

Важные гены
     Ген: ToxT - не найден
     Ген: ToxR - совпадение с референс-последовательностью 98,3 %
     Ген: ToxS - совпадение с референс-последовательностью 99,81 %

Островок VcB
     Ген: фрагмент гена, с повтором VcB (VCA0283)-1 - не найден
     Ген: фрагмент гена, с повтором VcB (VCA0283)-2 - не найден
     Ген: usp (VCA0284) - не найден
     Ген: VCA0285 - не найден


Вариабельные тандемные повторы
     VcL (промоторная область ctx) - не найден
     VcA (VCA0171) - 6 повторов
     VcB (VCA0283) - не найден
     VcC (VC0147) - не найден
     VcD (VC0436-VC0437) - 3 повторов
     VcG (VC1650) - не найден
10
Штамм: V cholerae nonO1/nonO139 R-19093
Дата выделения: 2009 год
Объект выделения: человек
Регион: Россия

Авторы: Писанов Р.В., Монахова Е.В., Архангенльская И.В.
Учреждение: ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора

SeqAnalyzer
5.3.1.1 Принадлежность к виду V. cholerae
     Ген: ompW (VCA0867) - совпадение с референс-последовательностью 99,54 %
     Ген: Коллагеназа (VC1650) - совпадение с референс-последовательностью 98,8 %
     Ген: VCA0164 - совпадение с референс-последовательностью 97,9 %

5.3.1.2 Серогруппа
     Ген: О1 (ген wbe) - не найден
     Ген: O139 (ген wbf) - не найден

5.3.1.3 Биовары
     Ген: hlyA Eltor - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: hlyA classical - совпадение с референс-последовательностью 94,6 %
     Ген: rtxC Eltor (VC1450) - совпадение с референс-последовательностью 99,78 %
     Ген: cas3 V. cholerae cholerae - совпадение с референс-последовательностью 97,1 %

5.3.1.4 Профаг CTX
     Ген: cep (VC1461) - не найден
     Ген: orfU (VC1460) - не найден
     Ген: ace (VC1459) - не найден
     Ген: zot (VC1458) - не найден
     Ген: ctxA (VC1457) - не найден
     Ген: ctxB1 (Classical) - не найден
     Ген: ctxB3 (El Tor) - не найден
     Ген: ctxB7 ("Гаитянский тип") - не найден

5.3.1.5 Профаг RSI
     Ген: RstR (VC1464) - не найден
     Ген: RstA (VC1454) - не найден
     Ген: rstB (VC1453) - не найден
     Ген: rstС (VC1452) - не найден
     Ген: rstR El Tor(VC1452) - не найден
     Ген: rstR Classical - не найден

5.3.1.6 Токсин-связанный криптический элемент TLC
     Ген: VC1471 - не найден

5.3.1.7 Остров патогенности VPI-I
     Ген: aldA (VC0819) - не найден
     Ген: mop (VC0823) - не найден
     Ген: tcpA (VC0828) - не найден
     Ген: toxT (VC0838) - не найден
     Ген: acfB (VC0840) - не найден

5.3.1.8  Остров патогенности VPI-II
     Ген: VC1757 - совпадение с референс-последовательностью 97,3 %
     Ген: VC1810 - совпадение с референс-последовательностью 96,6 %
     Ген: хеликаза (VC1760) - не найден
     Ген: nanH (VC1784) - совпадение с референс-последовательностью 96,7 %
     Ген: VC1803 - не найден

5.3.1.9 Остров пандемичности VSP-I
     Ген: VC0175 - не найден
     Ген: VC0178 - не найден
     Ген: VC0180 - не найден
     Ген: VC0183 - не найден
     Ген: VC0185 - не найден

5.3.1.10 Остров пандемичности VSP-II
     Ген: VC0490 - не найден
     Ген: VC0496 - не найден
     Ген: type IV pilin (VC0502) - не найден
     Ген: methyl-accepting chemotaxis protein (VC0512) - не найден

5.3.1.11 Кластер RTX
     Ген: RTX toxin RtxA (VC1451) - совпадение с референс-последовательностью 97,2 %
     Ген: rtxC (VC1450) - совпадение с референс-последовательностью 99,78 %
     Ген: RTX toxin transporter (VC1447) - совпадение с референс-последовательностью 98,7 %

5.3.1.12 Кластер MSHA
     Ген: mshA (VC0409) - совпадение с референс-последовательностью 99,44 %
     Ген: Regulatory protein CsrD (VC0398) - совпадение с референс-последовательностью 98,8 %
     Ген: MSHA pilin protein MshD (VC0411) - совпадение с референс-последовательностью 97,7 %

5.3.1.13 Кластер генов системы секреции третьего типа (T3SS)
     Ген: vcsN2 - не найден
     Ген: vcsV2 - не найден
     Ген: vcsC2 - не найден
     Ген: vspD - не найден

5.3.1.14. Кластер генов системы секреции шестого типа (T6SS)
     Ген: vasA (VCA0110) - совпадение с референс-последовательностью 99,89 %
     Ген: vasF (VCA0115) - совпадение с референс-последовательностью 98,3 %
     Ген: vasK (VCA0120) - совпадение с референс-последовательностью 99,28 %
     Ген: vgrG3 (VCA0123) - совпадение с референс-последовательностью 95,0 %
     Ген: hcp (VC1415) - не найден

5.2.1.15 Tol-кластер и локус vps
     Ген: tolQ (VC1839) - совпадение с референс-последовательностью 99,27 %
     Ген: TolA (VC1837) - совпадение с референс-последовательностью 96,8 %
     Ген: TolR (VC1838) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: vpsA (VC0917) - совпадение с референс-последовательностью 98,1 %
     Ген: vpsL (VC0934) - совпадение с референс-последовательностью 98,9 %

SXT-элемент (гены антибиотикорезистентности)
     Ген: dfr18 (trimethoprim) - не найден
     Ген: floR (chloramphenicol) - не найден
     Ген: strA (streptomycin) - не найден
     Ген: strB (streptomycin) - не найден
     Ген: sulII (sulfamethoxazole) - не найден
     Ген: aphAI (kanamycin) - не найден

Резистентность к бета-лактамным антибиотикам
     Ген: TEM-63 (beta-lactamase) - не найден
     Ген: blaP1  (beta-lactamase) - не найден
     Ген: metallo-beta-lactamase superfamily protein - совпадение с референс-последовательностью 99,31 %

Важные гены
     Ген: ToxT - не найден
     Ген: ToxR - совпадение с референс-последовательностью 99,10 %
     Ген: ToxS - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %

Островок VcB
     Ген: фрагмент гена, с повтором VcB (VCA0283)-1 - не найден
     Ген: фрагмент гена, с повтором VcB (VCA0283)-2 - не найден
     Ген: usp (VCA0284) - не найден
     Ген: VCA0285 - не найден


Вариабельные тандемные повторы
     VcL (промоторная область ctx) - не найден
     VcA (VCA0171) - 6 повторов
     VcB (VCA0283) - не найден
     VcC (VC0147) - 5 повторов
     VcD (VC0436-VC0437) - не найден
     VcG (VC1650) - 4 повторов
Страницы: [1] 2 3